Inspirací pro scénář k filmu je divadelní hra Golem, kterou legendární dvojice Jan Werich a Jiří Voskovec uvedli už v listopadu 1931 v Osvobozeném divadle. Následně odehráli neuvěřitelných 186 repríz.

Oba autoři a herci připravili také filmový scénář, který nabídli francouzskému režisérovi Julienu Duvivierovi. Ten však nechtěl příběh o Golemovi pojmout jako komedii, a tak scénář s pomocí scenáristy André-Paula Antoina přepsali do hororového dramatu. Francouzský film Golem, který se natáčel v Praze, měl premiéru v roce 1936. Dnes o něm však téměř nikdo neví. Werich s Voskovcem v něm však nehrají. Honorář dostali jen za námět a scénář, který se stejně předělal.

K záměru připravit filmovou komediální verzi o Golemovi se Jan Werich vrátil v roce 1949, tedy v době, kdy Voskovec již emigroval do USA. Nový scénář mu pomohl dokončit Jiří Brdečka. Režírovat jej měl Jiří Krejčík, režisér, který byl mnohými herci uctíván, ale i nenáviděn pro svou extrémně cholerickou povahu. Během příprav byl ke spolupráci osloven také Jiří Trnka, aby připravil návrhy kostýmů a dekorací. Šaty byly ušity na zakázku v textilce ve Varnsdorfu a z muzeí a galerií byla vypůjčena řada uměleckých předmětů.

Autorem hliněné verze Golema, která byla na svou dobu originálním pojetím této mytické postavy, byl sochař Jaroslav Horejc. Na natočení filmu bylo zprvu vyčleněno 27 milionů korun, což byla na tehdejší dobu nevídaná částka. V podstatě nejdražší od začátku filmu až do nějakých 70. let. Vždyť dnes se rozpočty filmů a pohádek pohybují od 25 do 45 milionů korun.

„Krátce po začátku natáčení se rozhořel spor mezi režisérem Krejčíkem a Janem Werichem. A to tak, že Werich prohlásil, že buď on, nebo Krejčík. Skončilo to tak, že byl vyměněn režisér. Nahradil jej původně prvorepublikový režisér Martin Frič, známý pod přezdívkou „Mac“,“ vzpomínali před lety někteří tehdejší členové štábu, ale i herci. „Chvílemi to bylo velmi dramatické, ale pak se to usadilo a filmy se v pohodě natočily,“ prozradil ještě za svého života František Filipovský.

S výměnou režiséra přišla ale také zásadní obměna herců. V roli magistra Kelleyho nahradil původního Karla Högera do té doby nepříliš známý Jiří Plachý starší. Roli Scotty – tedy Honzy Skotáka z Hrdlořez, jak ve filmu přímo zazní, získal namísto Saši Rašilova  malý, kulaťoučký herec František Černý. Roli maršála Rusworma odmítl Jan Pivec, a proto jej nahradil Zdeněk Štěpánek. Éterickou bytost Sirael měla původně hrát mladá Irena Kačírková, kterou později proslavil film Bílá paní. Namísto ní v Císařově pekaři a Pekařově císaři hrála Nataša Gollová, kterou tím Werich a Frič vyvedli z poválečné filmařské klatby. Přeobsazení a nutnost přetáček znamenalo navýšení výdajů o dalších až 10 milionů korun. Na tu dobu opět nevídaná částka!

Všechno, až na velké výjimky, bylo natočeno v barrandovských ateliérech, včetně staveb Pražského hradu.

Po natočení byly sestříhány dvě verze - dvoudílný film, který byl v československých kinech nasazen jako dvojprogram za dvojnásobné vstupné. Vznikla i zkrácená jednodílná verze, která byla zprvu určena na vývoz, a proto z ní byly vystřiženy nejvíce ideologické scény, jako třeba píseň Ten dělá to a ten zas tohle… Film byl uveden mimo jiné v Belgii, Holandsku, Dánsku, Rakousku, Francii, Polsku, Maďarsku, NDR či Indii. V roce 1955 dokonce i v USA, kde nesl název The Emperor and the Golem.